Begin jaren tachtig is een oriënterend bodemonderzoek uitgevoerd. Daaruit bleek dat de bodem van het terrein ernstig is verontreinigd.
In 1983/1984 zijn de bovengrondse installaties van de EMK ontmanteld. De vloeibare en vaste afvalstoffen die bovengronds waren opgeslagen, zijn onder toezicht van de DCMR Milieudienst Rijnmond (DCMR) afgevoerd. Een gedeelte is verwerkt bij de AVR en circa 1.000 ton is afgevoerd naar het verwerkingsbedrijf HIM in (West)Duitsland, dat geschikt en bevoegd was om chemisch afval met gechloreerde koolwaterstoffen te verbranden. De bovengrondse tanks zijn gedemonteerd en afgevoerd. Vrijkomend puin is gebruikt voor opvulling van kelders, putten en voor de ophoging van het dieper gelegen poldergedeelte op het EMK-terrein. Na deze operatie stonden op het terrein alleen nog de gebouwen van Alblas, een revisiebedrijf voor (scheeps)motoren. De ontmanteling hiervan vond plaats tijdens de sanering in 1988/1989. De inhoud van de kelders is niet afgevoerd, maar verspreid over het terrein. Dit is zo uitgevoerd in overleg met VROM, met als argument dat het een isolatieproject betrof.
De Staat heeft het eigendom van het EMK-terrein in 1986 verkregen door vordering van de toenmalige eigenares (sinds 1980), de besloten vennootschap Stormpolder Vastgoed B.V. Voor 1980 was het EMK-terrein eigendom van Firma A. van Hoorn & Zn., die het terrein in 1971 van Cindu N.V. had overgenomen. De RVOB (Domeinen) voert namens de Staat het beheer. De DCMR controleert en beheert de isolatiemaatregelen.
De sanerende maatregelen zijn gestart in 1988, toen nog in het kader van de Interimwet bodemsanering. Conform het beleid uit die dagen is gekozen voor een IBC-variant (Isoleren, Beheersen, Controleren). Het alternatief, het uitvoeren van een multifunctionele sanering was een veel te dure oplossing. De IBC-variant bestond uit het inpakken van de verontreinigingen door het aanbrengen van een verticale en een horizontale isolatie en een ‘eeuwig durende’ nazorg.
De verticale isolatie bestaat uit een stalen damwand en een cementbentonietwand. De horizontale isolatie is een asfaltverharding die als laatste in 1990 is aangebracht. Bij het aanbrengen van de isolatiemaatregelen is de bodem grotendeels ongemoeid gelaten. De meeste funderingen van de gesloopte gebouwen, kelders, pekputten en dergelijke zijn nog aanwezig. Het terrein is opgehoogd met een slakkenlaag met daarboven een laag schone grond. Daarnaast is een bronnering geplaatst met filters in het eerste watervoerende pakket (deepwells).
Al snel bleek de grondwaterstand binnen de isolatie zodanig te zijn gestegen dat de stabiliteit van de damwand niet meer te garanderen was. In 1994 is een tijdelijke bemaling met 173 filters langs de damwand en de ankerschotten geplaatst. Tevens zijn toen de asfaltverharding en het afvoersysteem voor het hemelwater gerepareerd. Medio 1998 is het afvoersysteem voor het hemelwater aangepast en verbeterd. De in 1994 geplaatste, tijdelijke bemaling is tot op de dag van vandaag in bedrijf, omdat de grondwaterstand nog steeds (en tot voor kort onverklaarbaar) hoog is. Tussentijds is het systeem nog wel een keer gereviseerd.
